今回はPydicomを使ってDICOM画像の表示をしてみたいと思います。
画像の表示
DICOM画像を表示する方法は4つの方法がPydicomにはサポートされています。
- matplotlibを使って表示
- Tkinterを使って表示
- Pillowを使って表示
- wxPythonを使って表示
とりあえず、matplotlibを使って表示させてみたいと思います。
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import pydicom from matplotlib import pyplot as plt %matplotlib inline #jupyter notebookでない場合は不要 ds = pydicom.dcmread(‘CT2.dcm’) plt.imshow(ds.pixel_array,cmap=plt.cm.bone) plt.show() #jupyter notebookでない場合は必要 |
plt.show()
はjupyter notebookを使用している場合は不要ですが,他のコード環境を使用している場合は必要となります。
どうでしょう?DICOM画像が表示できましたか?
この画像は、いつも見慣れたグレイスケールの画像ですが
plt.imshow(ds.pixel_array,cmap=plt.cm.bone)
boneの部分を変えることで
続いてはhotで設定してみました。
どうですか。アイソトープの画像みたくなりましたね。
この様に、cmapの設定を変更することで、カラースケールを変えることができます。
matplotlibのリファレンスページには約80種類のカラーマップがあり
colorExamplesのページにて確認することができます。
是非ともいろいろと試してみてください。