やっと、深層学習の勉強に着手しました。
いきなりですが、U-NETでセグメンテーションをやってみようと思い、あるサイトからコードを完全コピペして動かしてみようとしたのですが「HDF５」のインポートでエラーが出て進まず困ったのでこの解決策を記事にしたいと思います。
C:\Users\****\Anaconda3\envs\tf240\lib\site-packages\h5py__init__.py:40: UserWarning: h5py is running against HDF5 1.10.5 when it was built against 1.10.4, this may cause problems
‘{0}.{1}.{2}’.format(*version.hdf5_built_version_tuple)
Warning! HDF5 library version mismatched error
The HDF5 header files used to compile this application do not match
the version used by the HDF5 library to which this application is linked.
Data corruption or segmentation faults may occur if the application continues.
This can happen when an application was compiled by one version of HDF5 but
linked with a different version of static or shared HDF5 library.
You should recompile the application or check your shared library related
settings such as ‘LD_LIBRARY_PATH’.
You can, at your own risk, disable this warning by setting the environment
variable ‘HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK’ to a value of ‘1’.
Setting it to 2 or higher will suppress the warning messages totally.
Headers are 1.10.4, library is 1.10.5
要約してみるとHDF5のヘッダーは1.10.4だけど、中身は1.10.5ですよ。
設定を変更することで強制的に実行できますよ
的な内容だと理解しました。（私の英語力では完全理解はできません・・・・）
確かに、HDF5のバージョンは1.10.4になっています。
設定を変更しろと言ってもどこで変更すればいいのかわからない。
google先生に答えを求めると、一度削除後に再インストールで解決的なことが書いてあったので、ならばバージョンアップで対応できないかなと思ったのですが
なぜ？1.10.5が無い・・・・
ならば、pipでインストール！！
まずは、アンインストールをして
なぜか、インストールされていませんとのこと。。。。。
なので、Pycharmのインタープリタの画面からアンインストール
無事にアンインストールすることができました。
それでは、pipでインストール
(tf240) C:\Users\****>pip install hdf5==1.10.5
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement hdf5==1.10.5
ERROR: No matching distribution found for hdf5==1.10.5
HDF5に1.10.5のバージョンは無いと怒られてしまいました。
どうしようか悩んでいたところ以下のサイトに解決策が載っていました。
pipでインストールできないのですが、condaコマンドでインストールができるみたいです。
また、conda-forgeというGit-Hubの組織があるらしく、そこには3000種類以上のパッケージがあるということです。
conda install -c conda-forge hdf5=1.10.5
のコードを実行すると、以下の図のようにcondaのニューバージョンのお知らせと、HDF5とそれと依存関係のあるライブラリーもダウンロードしますよというお知らせが表示されますので、そのまま「Y」を入力しインストールを実行します。
インストールが完了しました。
Pycharmで確認してみます。
無事にHDF5のライブラリーをインストールすることができました。
これで、また一歩進みました。以上、HDF5バージョンミスマッチエラーの解決法でした。
お疲れさまでした。
